ProDUS cuenta con un equipo interdisciplinario que cuenta con profesionales en el área de Ingeniería Civil, Arquitectura, Agronomía, Economía, Derecho y Antropología, así como consultores en Hidrogeología, Geología, Biología y Edafología, quienes desarrollan proyectos con el apoyo de estudiantes de diferentes áreas académicas.
En el programa se encuentra promueve la investigación y aprendizaje de los asistentes a partir del usos de herramientas como los Sistemas de Información Geográfica y la realización de Trabajos Finales de Graduación, lo anterior se acompaña de giras de campo y procesos de participación ciudadana que permitan establecer un enlace con las comunidades en donde se investiga.
Además, se desarrollan proyectos de investigación contratada conjuntamente con instituciones y gobiernos locales, así como asesoría mediante el apoyo de los profesionales y consultores en áreas como la planificación urbana, ordenamiento territorial, estudios de carácter ambiental, sistemas de transportes, gestión ambiental y ecoturismo, entre otros.