El trabajo que realiza ProDUS en este campo se enfoca en llevar a cabo proyectos con los cuales se mejore la gestión del recurso, principalmente mediante la protección de fuentes y zonas de recarga, además de la optimización de su uso. En esta línea, se trabaja:
- Evaluación y capacitación de los encargados de acueductos comunales.
- Desarrollo de la zonificación hidrogeológica para la planificación territorial.
- Calidad de agua de ríos. se hacen análisis de calidad de agua de ríos por medio de muestreos específicos. En el caso del agua potable se busca indagar si se cumple con los parámetros de la Ley General de Agua Potable; mientras que en ríos que no son utilizados para consumo humano se realizan análisis en contaminantes especialmente de origen químico.