Se trata de explorar la relación entre territorio y desarrollo económico local ya sea mediante investigaciones o proyectos específicos o como complemento a proyectos más grandes. Se trata de comprender como el espacio afecta a la economía, a su dinámica y a su estructura. Para ello las investigaciones realizadas a los largo del tiempo se han basado en indagar aspectos como: La influencia de las características del municipio o región en su forma o su posición en el desarrollo de los territorios que las rodean, relaciones entre crecimiento urbano y el desarrollo económico local, la segregación social, educación, pobreza, seguridad ciudadana, el mercado de trabajo, los valores del suelo, impuestos territoriales, evaluación económica de recursos naturales y análisis financiero de proyectos de interés nacional entre otras cosas.
La metodología empleada involucra tanto análisis cuantitativos como cualitativos, basados en métodos econométricos, geo-estadística, sistemas de información geográfica, microeconomía, valoración económica de recursos naturales, creación de indicadores, geo-referenciación de información, encuestas cualitativas, procesos participativos, entre otros. La información es un aspecto clave para ProDUS-UCR ya que es un elemento fundamental para la toma acertada de decisiones, por tanto, es imprescindible contar con información de calidad que permita valorar y medir la realidad económica y social. Por esta razón, constantemente se construyen y actualizan un conjunto de indicadores que ayudan al análisis del comportamiento de todas las variables de estudio. En este sentido, se debe entender el proceso de producción de indicadores bajo un esquema estratégico, que implica un proceso dinámico, donde se mantiene un balance adecuado entre los diferentes tipos de indicadores, con el fin de determinar la relación entre los medios y los fines.